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Title：GATA6-AS1 Regulates GATA6 Expression to Modulate Human Endoderm Differentiation

发表期刊：Stem Cell Reports

发表时间：2020年

研究单位：武汉大学、发育源性疾病湖北省重点实验等

IF: 6.032

2020年长链非编码RNA研究：LncRNA分子GATA6-AS1在内胚层分化中关键调控作用

研究背景： 长链非编码RNA(LncRNA)是一类长度在200个核苷酸以上的RNA分子，通常不具备蛋白质编码能力，在发育过程中经常表现为细胞类型特异性表达。转录组测序分析是lncRNA研究的重要工具，目前已经鉴定出了细胞分化过程中的一系列长链非编码RNA，但lncRNA与已知转录调控网络的整合研究相对较少。

研究目的：利用人类定形内胚层分化模型，研究lncRNA与关键转录因子之间的功能相互作用。

主要内容： 首先对不同分化时期的人胚胎干细胞（ESC）进行转录组数据测序，鉴定到内胚层特异表达的lncRNA。其中，GATA6-AS1特异性高表达。通过shRNA选择性敲低GATA6-AS1，转录组测序分析发现约有8%的编码基因在敲低细胞与野生型细胞表现出差异表达。

GATA6-AS1与基因GATA6位于基因组的同一个位置， GATA6-AS1敲低会导致基因GATA6表达量下降。将GATA6转入GATA6-AS1敲低的细胞中，可以看到内胚层分化恢复，表明GATA6是GATA6-AS1的重要靶基因。

ChIP-qPCR证实，SMAD2/3结合在GATA6的启动子区域。免疫共沉淀实验结果表明SMAD2/3可以与GATA6-AS1相互作用。荧光素酶实验也证实GATA6-AS1可以激活GATA6启动子区域的转录。

参考文献：

Yang et al., GATA6-AS1 Regulates GATA6 Expression to Modulate Human Endoderm Differentiation, Stem Cell Reports (2020), https://doi.org/10.1016/j.stemcr.2020.07.014