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Title：Genome wide analysis of prognostic related lncRNAs, miRNAs and mRNAs forming a competing endogenous RNA network in lung squamous cell carcinoma

发表期刊：Cancer Research

发表时间：2020年

IF: 3.656 中科院三区

2020年全转录组研究案例：肺鳞癌中与预后相关的lncRNA，miRNA和mRNAs内源性竞争网络分析

研究目的：肺鳞状细胞癌（LUSC）发病率和死亡率都很高，且临床预后效果较差。已有研究表明，长非编码RNA（lncRNA）可以发挥竞争内源性RNA（ceRNA）的作用，从而抑制microRNA（miRNA）的功能。 在这项研究中，研究者旨在寻找与预后相关的lncRNA，miRNA和mRNA，并构建与预后相关的ceRNA网络。

研究方法：首先，从癌症基因组图谱数据库（TCGA）下载肺鳞状细胞癌RNA测序数据。然后在有淋巴结转移和无淋巴结转移的患者之间鉴定出差异表达的lncRNA、miRNA和mRNA。 通过单变量Cox回归分析发现与生存相关的lncRNA，miRNA和mRNA，之后建立与预后相关的ceRNA网络。通过多因素Cox回归分析，发现了3个lncRNA和3个mRNA可于鳞状细胞癌患者生存期预测。

主要结果：1. 在具有淋巴结转移和无淋巴结转移的样品之间共鉴定出224个lncRNA，160个miRNA，913个mRNA。2. 单变量Cox回归分析显示，其中28个lncRNA，8个miRNA，105个mRNA与患者的总生存时间显著相关。3. Pathway富集分析表明，这些mRNA与跨膜运输、血液循环、血浆脂蛋白颗粒组织的调节有关。 4.构建了一个与生存相关的ceRNA网络，包括9个lncRNA，8个miRNA和23个mRNA。 此外，多变量Cox回归分析表明，三个lncRNA（AL161431.1，LINC02389，APCDD1L.DT）和三个mRNA（KLK6，SLITRK5，CCDC177）具有显著的预后价值。风险评分表明这些lncRNA和mRNA均可以独立预测LUSC患者的总体生存率。

参考文献：

Qiang Ju，et al. Genome?wide analysis of prognostic?related lncRNAs, miRNAs and mRNAs forming a competing endogenous RNA network in lung squamous cell carcinoma. J Cancer Res Clin Oncol. 2020 Jul;146(7):1711-1723. doi: 10.1007/s00432-020-03224-8. Epub 2020 Apr 30.