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Title：RNA-Seq Based Transcriptome Analysis of Endothelial Differentiation of Bone Marrow Mesenchymal Stem Cells

发表期刊：Eur J Vasc Endovasc Surg

发表时间：2020年

研究单位：北京大学第一医院、国家老年医学中心、北京大学医学部等

IF: 5.328 中科院二区

2020年转录组分析应用：RNA-seq揭示骨髓间充质干细胞向内皮细胞分化过程中的基因表达变化

研究背景：临床研究表明，间充质干细胞（MSC）可以改善患者的缺血症状与外周动脉疾病。其治疗作用的潜在机制是MSC可以分化为内皮细胞（EC）并形成新血管。然而，内皮细胞分化过程中的基因表达差异不明确。

研究目的：鉴定间充质干细胞（MSCs）和诱导的内皮细胞（ECs）之间的基因表达变化，并基于核糖核酸测序（RNA-Seq）分析研究内皮分化的潜在机制

研究方法：从骨髓中分离出间充质干细胞并采用诱导培养基诱导内皮细胞分化。 通过RNA-seq鉴定了MSC分化为EC的动态转录谱，并确定了差异表达基因（DEG）。 通过GO和KEGG数据库进行了功能富集和信号通路分析，并采用实时定量聚合酶链反应（qRT-PCR）验证。

主要结果：共鉴定出2769个差异基因，其中1117个基因上调，1652个基因下调。GO和KEGG通路分析确定了差异基因中显著富集的通路，包括extracellular matrix organisation, blood vessel morphogenesis, angiogenesis, extracellular matrix binding,growth factor binding and glycosaminoglycan binding extracellular matrixereceptor interaction pathway, cytokineereceptor interaction pathway and transforming growth factor (TGF)-b signalling pathway。所有与TGF-b通路相关的基因均显著下调，并且新发现11个与内皮分化相关的基因。

参考文献：

Chengen Wang，et al. RNA-Seq Based Transcriptome Analysis of Endothelial Differentiation of Bone Marrow Mesenchymal Stem Cells. Eur J Vasc Endovasc Surg. 2020 May;59(5):834-842. doi: 10.1016/j.ejvs.2019.11.003.